پروپىئون كىسلاتاسى (PPA)، كۆپ ئۇچرايدىغان يېمەكلىك قوشۇمچە ماددىسى، چاشقانلارنىڭ نېرۋا تەرەققىياتىنىڭ نورمالسىزلىقىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغانلىقى، ئاشقازان-ئۈچەي ئىقتىدارىنىڭ قالايمىقانلىشىشى بىلەن بىرگە، ئۈچەي ئىقتىدارىنىڭ قالايمىقانلىشىشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغانلىقى ئىسپاتلاندى، بۇ ئۈچەي ئىقتىدارىنىڭ قالايمىقانلىشىشىدىن كېلىپ چىقىشى مۇمكىن. يېمەكلىكتىكى PPA تەسىرى بىلەن ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسىنىڭ قالايمىقانلىشىشى ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەت ئوتتۇرىغا قويۇلدى، ئەمما بىۋاسىتە تەكشۈرۈلمىدى. بۇ يەردە، بىز ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسى تەركىبىدىكى PPA بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئۆزگىرىشلەرنى تەكشۈردۇق، بۇ ئۆزگىرىشلەر دىسبىئوزغا ئېلىپ كېلىشى مۇمكىن. داۋالانمىغان يېمەكلىك (n=9) ۋە PPA بىلەن مول يېمەكلىك (n=13) بىلەن بېقىلغان چاشقانلارنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسى مىكرو بىئولوگىيىسى تەركىبى ۋە باكتېرىيە ماددا ئالمىشىش يوللىرىدىكى پەرقنى باھالاش ئۈچۈن ئۇزۇن مۇددەتلىك مېتاگېنومىك تەرتىپلەش ئارقىلىق تەرتىپلەندى. يېمەكلىكتىكى PPA بىر قانچە باكتېروئىد، Prevotella ۋە Ruminococcus قاتارلىق مۇھىم تۈرلەرنىڭ كۆپىيىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇپ، بۇ تۈرلەرنىڭ ئەزالىرى ئىلگىرى PPA ئىشلەپچىقىرىشتا رول ئوينىغان. PPA تەسىرىگە ئۇچرىغان چاشقانلارنىڭ مىكرو بىئولوگىيىسىدە ماي ​​ماددا ئالمىشىشى ۋە ستېروئىد ھورمۇنى بىئوسىنتېزى بىلەن مۇناسىۋەتلىك يوللارمۇ كۆپ ئىدى. بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى، PPA ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسى ۋە ئۇنىڭغا مۇناسىۋەتلىك ماددا ئالمىشىش يوللىرىنى ئۆزگەرتەلەيدۇ. بۇ كۆزىتىلگەن ئۆزگىرىشلەر، ئىستېمال قىلىشقا بىخەتەر دەپ تۈرگە ئايرىلغان ساقلىغۇچى ماددىلارنىڭ ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ تەركىبىگە ۋە ئۆز نۆۋىتىدە ئىنسانلارنىڭ سالامەتلىكىگە تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
ئىنسان مىكرو بىئومى كۆپىنچە «بەدەننىڭ ئەڭ ئاخىرقى ئەزاسى» دەپ ئاتىلىدۇ ۋە ئىنسانلارنىڭ ساغلاملىقىدا مۇھىم رول ئوينايدۇ (Baquero ۋە Nombela, 2012). بولۇپمۇ، ئۈچەي مىكرو بىئومى پۈتۈن سىستېمىغا تەسىر كۆرسىتىشى ۋە نۇرغۇن مۇھىم فۇنكسىيەلەردىكى رولى بىلەن تونۇلغان. ئۈچەيدە كۆپ خىل ئېكولوگىيىلىك بوشلۇقلارنى ئىگىلەيدىغان، ئوزۇقلۇق ماددىلاردىن پايدىلىنىدىغان ۋە يوشۇرۇن كېسەللىك قوزغاتقۇچىلار بىلەن رىقابەتلىشىدىغان كومېنسال باكتېرىيەلەر مول (Jandhyala قاتارلىقلار، 2015). ئۈچەي مىكرو بىئوتىنىڭ ھەر خىل باكتېرىيە تەركىبلىرى ۋىتامىن قاتارلىق مۇھىم ئوزۇقلۇق ماددىلارنى ئىشلەپچىقىرىش ۋە ھەزىم قىلىشنى ئىلگىرى سۈرۈش ئىقتىدارىغا ئىگە (Rowland قاتارلىقلار، 2018). باكتېرىيە مېتابولىتلىرىنىڭ توقۇلمىلارنىڭ تەرەققىياتىغا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقى ۋە ماددا ئالمىشىش ۋە ئىممۇنىتېت يوللىرىنى كۈچەيتىدىغانلىقى ئىسپاتلانغان (Heijtz قاتارلىقلار، 2011؛ ​​Yu قاتارلىقلار، 2022). ئىنسان ئۈچەي مىكرو بىئومىنىڭ تەركىبى ئىنتايىن كۆپ خىل بولۇپ، يېمەك-ئىچمەك، جىنىس، دورا ۋە سالامەتلىك ئەھۋالى قاتارلىق گېن ۋە مۇھىت ئامىللىرىغا باغلىق (Kumbhare قاتارلىقلار، 2019).
ئانا يېمەك-ئىچمىكى ھامىلە ۋە يېڭى تۇغۇلغان بوۋاقلارنىڭ تەرەققىياتىنىڭ مۇھىم تەركىبىي قىسمى بولۇپ، تەرەققىياتقا تەسىر كۆرسىتىشى مۇمكىن بولغان بىرىكمىلەرنىڭ مەنبەسى (Bazer et al., 2004; Innis, 2014). بۇ خىلدىكى قىزىقارلىق بىرىكمىلەرنىڭ بىرى پروپىئون كىسلاتاسى (PPA) بولۇپ، ئۇ باكتېرىيە ئېچىتىش ئارقىلىق ئېلىنغان قىسقا زەنجىرسىمان ياغ كىسلاتاسىنىڭ قوشۇمچە مەھسۇلاتى ۋە يېمەكلىك قوشۇمچە ماددىسى (den Besten et al., 2013). PPA باكتېرىيەگە قارشى ۋە زەمبۇرۇغقا قارشى تۇرۇش خۇسۇسىيىتىگە ئىگە، شۇڭا يېمەكلىك ساقلاش دورىسى سۈپىتىدە ۋە سانائەتتە كۆك ۋە باكتېرىيەنىڭ ئۆسۈشىنى توسۇش ئۈچۈن ئىشلىتىلىدۇ (Wemmenhove et al., 2016). PPA نىڭ ھەر خىل توقۇلمىلاردا ئوخشىمايدىغان تەسىرى بار. جىگەردە، PPA ماكروفاگلاردىكى سىتوكىننىڭ ئىپادىلىنىشىگە تەسىر كۆرسىتىش ئارقىلىق ياللۇغ قايتۇرۇش ئۈنۈمىگە ئىگە (Kawasoe et al., 2022). بۇ تەڭشەش ئۈنۈمى باشقا ئىممۇنىتېت ھۈجەيرىلىرىدىمۇ كۆزىتىلىپ، ياللۇغلىنىشنىڭ تۆۋەنلىشىگە ئېلىپ كەلگەن (Haase et al., 2021). قانداقلا بولمىسۇن، مېڭىدە ئەكسىچە تەسىر كۆزىتىلدى. ئىلگىرىكى تەتقىقاتلاردا PPA نىڭ چاشقانلاردا ئاۋتىزمغا ئوخشاش قىلمىشلارنى پەيدا قىلىدىغانلىقى كۆرسىتىلگەن (El-Ansary قاتارلىقلار، 2012). باشقا تەتقىقاتلاردا PPA نىڭ گىلىئوزنى پەيدا قىلىپ، مېڭىدىكى ياللۇغلىنىش يوللىرىنى قوزغىتالايدىغانلىقى كۆرسىتىلگەن (Abdelli قاتارلىقلار، 2019). PPA ئاجىز كىسلاتا بولغاچقا، ئۇ ئۈچەي ئېپىتېلىيىسى ئارقىلىق قان ئايلىنىش سىستېمىسىغا تارقىلىپ، قان-مېڭە توسۇقى ۋە يولداش قاتارلىق چەكلىمە توسالغۇلىرىدىن ئۆتۈپ كېتەلەيدۇ (Stinson قاتارلىقلار، 2019)، بۇ PPA نىڭ باكتېرىيە ئىشلەپچىقارغان تەڭشەلگۈچ مېتابولىت سۈپىتىدە مۇھىملىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. PPA نىڭ ئاۋتىزمنىڭ خەۋپ ئامىلى سۈپىتىدە رولى ھازىر تەكشۈرۈلۈۋاتقان بولسىمۇ، ئۇنىڭ ئاۋتىزملىق كىشىلەرگە بولغان تەسىرى نېرۋا پەرقلىنىشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىشتىن باشقا تېخىمۇ كېڭىيىشى مۇمكىن.
ئاشقازان-ئۈچەي ئالامەتلىرى، مەسىلەن ئىچ سۈرۈش ۋە ئىچ قېتىش نېرۋا تەرەققىيات قالايمىقانچىلىقى بار بىمارلاردا كۆپ ئۇچرايدۇ (Cao قاتارلىقلار، 2021). ئىلگىرىكى تەتقىقاتلاردا ئاۋتىزم كېسەللىكلىرى (ASD) بار بىمارلارنىڭ مىكرو بىئومى ساغلام كىشىلەرنىڭكىدىن پەرقلىنىدىغانلىقى، بۇ ئۈچەي مىكرو بىئوسى كېسىلىنىڭ مەۋجۇتلۇقىنى كۆرسىتىپ بېرىدىغانلىقى كۆرسىتىلگەن (Finegold قاتارلىقلار، 2010). شۇنىڭغا ئوخشاش، ياللۇغلىنىشچان ئۈچەي كېسىلى، سېمىزلىك، ئەلزھېيمېر كېسىلى قاتارلىق بىمارلارنىڭ مىكرو بىئومى ئالاھىدىلىكلىرىمۇ ساغلام كىشىلەرنىڭكىدىن پەرقلىنىدۇ (Turnbaugh قاتارلىقلار، 2009؛ Vogt قاتارلىقلار، 2017؛ Henke قاتارلىقلار، 2019). قانداقلا بولمىسۇن، ھازىرغىچە ئۈچەي مىكرو بىئومى بىلەن نېرۋا كېسەللىكلىرى ياكى ئالامەتلىرى ئوتتۇرىسىدا سەۋەب-نەتىجە مۇناسىۋىتى ئورنىتىلمىغان (Yap قاتارلىقلار، 2021)، گەرچە بۇ كېسەللىكلەرنىڭ بەزىلىرىدە بىر قىسىم باكتېرىيە تۈرلىرىنىڭ رولى بارلىقى قارىلىدۇ. مەسىلەن، Akkermansia، Bacteroides، Clostridium، Lactobacillus، Desulfovibrio ۋە باشقا تۈرلەر ئاۋتىزم كېسىلىگە گىرىپتار بولغان بىمارلارنىڭ مىكرو ئورگانىزملىرىدا كۆپرەك ئۇچرايدۇ (Tomova قاتارلىقلار، 2015؛ Golubeva قاتارلىقلار، 2017؛ Cristiano قاتارلىقلار، 2018؛ Zurita قاتارلىقلار، 2020). دىققەت قىلىشقا ئەرزىيدىغىنى شۇكى، بۇ تۈرلەرنىڭ بەزىلىرىنىڭ ئەزا تۈرلىرىدە PPA ئىشلەپچىقىرىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلار بارلىقى مەلۇم (Reichardt قاتارلىقلار، 2014؛ Yun ۋە Lee، 2016؛ Zhang قاتارلىقلار، 2019؛ Baur ۋە Dürre، 2023). PPA نىڭ مىكروبلارغا قارشى تۇرۇش خۇسۇسىيىتىنى نەزەرگە ئالغاندا، ئۇنىڭ مىقدارىنى ئاشۇرۇش PPA ئىشلەپچىقىرىدىغان باكتېرىيەلەرنىڭ ئۆسۈشىگە پايدىلىق بولۇشى مۇمكىن (Jacobson قاتارلىقلار، 2018). شۇڭا، PFA غا باي مۇھىت ئاشقازان-ئۈچەي كېسەللىكلىرى قاتارلىق ئاشقازان-ئۈچەي مىكرو ئورگانىزملىرىدا ئۆزگىرىشلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىشى مۇمكىن، بۇ ئاشقازان-ئۈچەي ئالامەتلىرىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئامىللار بولۇشى مۇمكىن.
مىكرو بىئوم تەتقىقاتىدىكى ئاساسلىق مەسىلە مىكروب تەركىبىدىكى پەرقلەرنىڭ ئاساسىي كېسەللىكلەرنىڭ سەۋەبى ياكى ئالامىتى ئىكەنلىكىدۇر. يېمەك-ئىچمەك، ئۈچەي مىكروبىئومى ۋە نېرۋا كېسەللىكلىرى ئوتتۇرىسىدىكى مۇرەككەپ مۇناسىۋەتنى ئېنىقلاشنىڭ تۇنجى قەدىمى يېمەك-ئىچمەكنىڭ مىكروب تەركىبىگە بولغان تەسىرىنى باھالاشتىن ئىبارەت. بۇنىڭ ئۈچۈن، بىز PPA مول ياكى PPA كەمچىل بولغان يېمەك-ئىچمەك بىلەن ئوزۇقلانغان چاشقانلارنىڭ ئەۋلادلىرىنىڭ ئۈچەي مىكروبىئومىلىرىنى سېلىشتۇرۇش ئۈچۈن ئۇزۇن ئوقۇشلۇق مېتاگېنومىك تەرتىپنى ئىشلەتتۇق. ئەۋلادلارغا ئانىسى بىلەن ئوخشاش يېمەك-ئىچمەك بېرىلدى. بىز PPA مول يېمەك-ئىچمەكنىڭ ئۈچەي مىكروب تەركىبى ۋە مىكروب ئىقتىدار يوللىرىدا، بولۇپمۇ PPA ماددا ئالمىشىشى ۋە/ياكى PPA ئىشلەپچىقىرىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك يوللاردا ئۆزگىرىش پەيدا قىلىدىغانلىقىنى پەرەز قىلدۇق.
بۇ تەتقىقاتتا مەركىزىي فلورىدا ئۇنىۋېرسىتېتى ھايۋاناتلارنى بېقىش ۋە ئىشلىتىش كومىتېتى (UCF-IACUC) نىڭ كۆرسەتمىسىگە ئاساسەن، گلىياغا خاس GFAP ئىلگىرى سۈرگۈچىسىنىڭ كونتروللۇقىدا يېشىل فلۇئورېسسېنت ئاقسىلى (GFP) نى ئارتۇقچە ئىپادىلەيدىغان FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ترانسگېنلىق چاشقانلار (Jackson تەجرىبىخانىلىرى) ئىشلىتىلگەن (ھايۋاناتلارنى ئىشلىتىش ئىجازەتنامىسى نومۇرى: PROTO202000002). سۈتتىن ئايرىۋېتىلگەندىن كېيىن، چاشقانلار قەپەسلەرگە ئايرىم-ئايرىم ھالدا ھەر بىر جىنىستىكى 1-5 چاشقان قويۇلغان ھالدا سولانغان. چاشقانلارغا خالىغانچە پاكىزلانغان كونترول يېمىكى (ئۆزگەرتىلگەن ئوچۇق بەلگە ئۆلچەملىك يېمەك-ئىچمەك، 16 كالورىيە % ياغ) ياكى ناترىي پروپىئونات قوشۇلغان يېمەك-ئىچمەك (ئۆزگەرتىلگەن ئوچۇق بەلگە ئۆلچەملىك يېمەك-ئىچمەك، 16 كالورىيە % ياغ، 5000 ppm ناترىي پروپىئونات بار) بېرىلگەن. ئىشلىتىلگەن ناترىي پروپىئونات مىقدارى 5000 مىللىگرام PFA/كىلوگرام ئومۇمىي يېمەكلىك ئېغىرلىقىغا باراۋەر. بۇ يېمەكلىك ساقلاش ماددىسى سۈپىتىدە ئىشلىتىشكە تەستىقلانغان PPA نىڭ ئەڭ يۇقىرى قويۇقلۇقى. بۇ تەتقىقاتقا تەييارلىق قىلىش ئۈچۈن، ئاتا چاشقانلارغا جۈپلىشىشتىن 4 ھەپتە بۇرۇن ھەر ئىككى خىل يېمەك بېرىلدى ۋە ئانا چاشقاننىڭ ھامىلىدارلىقى مەزگىلىدە داۋاملاشتۇرۇلدى. ئەۋلاد چاشقانلار [22 چاشقان، 9 كونترول چاشقان (6 ئەر، 3 چىشى) ۋە 13 PPA (4 ئەر، 9 چىشى)] سۈتتىن ئايرىۋېتىلدى ۋە ئاندىن ئانا چاشقانلار بىلەن ئوخشاش يېمەك-ئىچمەكتە 5 ئاي داۋاملاشتۇرۇلدى. ئەۋلاد چاشقانلار 5 ئايلىق بولغاندا قۇربانلىق قىلىندى ۋە ئۇلارنىڭ ئۈچەيدىكى تەرەتلىرى يىغىۋېلىنىپ، دەسلەپتە 1.5 مىللىلىتىرلىق مىكرو مەركەزدىن قاچۇرۇش تۇرۇبىسىغا -20 سېلسىيە گرادۇستا ساقلاندى، ئاندىن ساھىبخان DNAسى تۈگىگۈچە ۋە مىكروبلارنىڭ نۇكلېئىك كىسلاتاسى چىقىرىۋېلىنغۇچە -80 سېلسىيە گرادۇسلۇق توڭلاتقۇغا سېلىندى.
ساھىبخان DNA ئۆزگەرتىلگەن كېلىشىم بويىچە چىقىرىۋېتىلدى (Charalampous et al., 2019). قىسقىسى، تەرەت تەركىبى 500 µl InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) غا يۆتكىلىپ، توڭلىتىلغان ھالەتتە ساقلاندى. ھەر بىر چىقىرىلىشتا ئەڭ كۆپ بولغاندا 1-2 تەرەت دانچىسىنى بىر تەرەپ قىلىڭ. ئاندىن تەرەت تەركىبى تۇرۇبا ئىچىدىكى سۇلياۋ پلاستىك ئارقىلىق مېخانىكىلىق جەھەتتىن بىر خىل ھالەتكە كەلتۈرۈلۈپ، سۇيۇقلۇق ھاسىل قىلىندى. ئەۋرىشكىلەرنى 10،000 RCF دا 5 مىنۇت ياكى ئەۋرىشكىلەر دانچە بولغۇچە مەركەزدىن قاچۇرۇڭ، ئاندىن ئۈستۈنكى سۇيۇقلۇقنى سۈمۈرۈپ، دانچىنى 250 µl 1× PBS دا قايتا ئېرىتىڭ. ئەۋرىشكە ئېۋكارىئوت ھۈجەيرە پەردىسىنى بوشىتىش ئۈچۈن يۇيۇش سۇيۇقلۇقى سۈپىتىدە 250 µl 4.4% ساپونىن ئېرىتمىسى (TCI، مەھسۇلات نومۇرى S0019) قوشۇڭ. ئەۋرىشكىلەر سىلىق بولغۇچە ئاستا ئارىلاشتۇرۇلۇپ، ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا 10 مىنۇت تۇرغۇزۇلدى. ئاندىن، ئېۋكارىئوت ھۈجەيرىلىرىنى بۇزۇش ئۈچۈن، ئەۋرىشكە 350 μl نۇكلېئازاسىز سۇ قوشۇلۇپ، 30 سېكۇنت تۇرغۇزۇلدى، ئاندىن 12 μl 5 M NaCl قوشۇلدى. ئاندىن ئەۋرىشكىلەر 6000 RCF دا 5 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى. ئۈستۈنكى قەۋەتنى سۈمۈرۈپ، دانچىنى 100 μl 1X PBS دا قايتا ئېرىتىڭ. ساھىبخان DNA نى چىقىرىۋېتىش ئۈچۈن، 100 μl HL-SAN بۇفېرى (12.8568 g NaCl، 4 ml 1M MgCl2، 36 ml نۇكلېئازاسىز سۇ) ۋە 10 μl HL-SAN ئېنزىمىنى (ArticZymes P/N 70910-202) قوشۇڭ. ئەۋرىشكىلەر پىپېتكا ئارقىلىق تولۇق ئارىلاشتۇرۇلۇپ، Eppendorf™ ThermoMixer C ماشىنىسىدا 37 سېلسىيە گرادۇستا 800 ئايلىنىش سۈرئىتىدە 30 مىنۇت ئىنۇباتسىيە قىلىندى. ئىنۇباتسىيەدىن كېيىن، 6000 RCF دا 3 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلۇپ، 800 µl ۋە 1000 µl 1X PBS بىلەن ئىككى قېتىم يۇيۇلدى. ئاخىرىدا، دانچە 100 µl 1X PBS دا قايتا ئېرىتىلدى.
باكتېرىيەنىڭ ئومۇمىي DNAسى يېڭى ئېنگلاند بىئولابراتسىيەسىنىڭ Monarch گېنومىك DNA تازىلاش قورالى (يېڭى ئېنگلاند بىئولابراتسىيەسى، ئىپسۋىچ، MA، Cat# T3010L) ئارقىلىق ئايرىۋېلىندى. قورال بىلەن تەمىنلەنگەن ئۆلچەملىك مەشغۇلات تەرتىپى ئازراق ئۆزگەرتىلگەن. ئاخىرقى ئېلىيۇتسىيە ئۈچۈن مەشغۇلات قىلىشتىن بۇرۇن نۇكلېئازاسىز سۇنى 60 سېلسىيە گرادۇستا ئىنكۇباتسىيە قىلىپ ساقلاڭ. ھەر بىر ئەۋرىشكە 10 µl پروتېئىناز K ۋە 3 µl RNase A قوشۇڭ. ئاندىن 100 µl ھۈجەيرە ئېرىتىش بۇفېرى قوشۇپ، ئاستا ئارىلاشتۇرۇڭ. ئاندىن ئەۋرىشكىلەر Eppendorf™ ThermoMixer C دا 56 سېلسىيە گرادۇستا ۋە 1400 ئايلىنىش سۈرئىتىدە كەم دېگەندە 1 سائەت ۋە 3 سائەتكىچە ئىنكۇباتسىيە قىلىندى. ئىنكۇباتسىيە قىلىنغان ئەۋرىشكىلەر 12000 RCF دا 3 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى ۋە ھەر بىر ئەۋرىشكەدىكى ئۈستۈنكى سۇيۇقلۇق 400 µL باغلاش ئېرىتمىسى بار ئايرىم 1.5 مىللىلىتىرلىق مىكرو مەركەزدىن قاچۇرۇش تۇرۇبىسىغا يۆتكەلدى. ئاندىن تۇرۇبا 1 سېكۇنت ئارىلىقىدا 5-10 سېكۇنت ئىمپۇلسلۇق ئايلاندۇرۇلدى. ھەر بىر ئەۋرىشكىنىڭ پۈتۈن سۇيۇقلۇقىنى (تەخمىنەن 600–700 µL) ئېقىنلىق يىغىش نەيچىسىگە قويۇلغان سۈزگۈچ كارتىرىجىغا يۆتكەڭ. نەيچىلەر دەسلەپكى DNA باغلىنىشى ئۈچۈن 1000 RCF دا 3 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى، ئاندىن قالغان سۇيۇقلۇقنى چىقىرىۋېتىش ئۈچۈن 12000 RCF دا 1 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى. ئەۋرىشكە تۈۋرۈكى يېڭى يىغىش نەيچىسىگە يۆتكەلدى ۋە ئاندىن ئىككى قېتىم يۇيۇلدى. تۇنجى قېتىم يۇيۇش ئۈچۈن، ھەر بىر نەيچىگە 500 µL يۇيۇش سۇيۇقلۇقى قوشۇڭ. نەيچىنى 3–5 قېتىم ئۆرۈڭ، ئاندىن 12000 RCF دا 1 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى. يىغىش نەيچىسىدىكى سۇيۇقلۇقنى چىقىرىۋېتىپ، سۈزگۈچ كارتىرىجىنى يەنە شۇ يىغىش نەيچىسىگە سېلىڭ. ئىككىنچى قېتىم يۇيۇش ئۈچۈن، سۈزگۈچكە 500 µL يۇيۇش سۇيۇقلۇقى قوشۇڭ، ئەكسىچە ئايلاندۇرۇڭ. ئەۋرىشكىلەر 12000 RCF دا 1 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى. فىلتىرنى 1.5 مىللىلىتىرلىق LoBind® تۇرۇبىسىغا يۆتكەپ، ئۈستىگە 100 µL ئالدىن قىزىتىلغان نۇكلېئازاسىز سۇ قوشۇڭ. فىلتىرلار ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا 1 مىنۇت ئىنكۇباتسىيە قىلىندى، ئاندىن 12000 RCF دا 1 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇلدى. ئېلىيۇتسىيە قىلىنغان DNA -80°C تېمپېراتۇرىدا ساقلاندى.
DNA قويۇقلۇقى Qubit™ 4.0 فلۇئورومېتىرى ئارقىلىق مىقدارلاشتۇرۇلدى. DNA ئىشلەپچىقارغۇچىنىڭ كۆرسەتمىسىگە ئاساسەن Qubit™ 1X dsDNA يۇقىرى سەزگۈرلۈك زاپچاسلىرى (كاتېگورىيە نومۇرى Q33231) ئارقىلىق تەييارلاندى. DNA پارچىسىنىڭ ئۇزۇنلۇقىنىڭ تارقىلىشى Aglient™ 4150 ياكى 4200 لېنتا ئىستانسىسى ئارقىلىق ئۆلچەندى. DNA Agilent™ گېنوم DNA رېئاگېنتلىرى (كاتېگورىيە نومۇرى 5067-5366) ۋە گېنوم DNA ئېكران لېنتىسى (كاتېگورىيە نومۇرى 5067-5365) ئارقىلىق تەييارلاندى. كۈتۈپخانا تەييارلاش ئىشلەپچىقارغۇچىنىڭ كۆرسەتمىسىگە ئاساسەن Oxford Nanopore Technologies™ (ONT) تېز PCR شىتىرىخ كودلاش زاپچاسلىرى (SQK-RPB004) ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. DNA Min106D ئېقىم ھۈجەيرىسى (R 9.4.1) بىلەن ONT GridION™ Mk1 تەرتىپلەش ئۈسكۈنىسى ئارقىلىق تەرتىپلەندى. تەرتىپلەش تەڭشەكلىرى: يۇقىرى ئېنىقلىقتىكى ئاساسىي چاقىرىش، ئەڭ تۆۋەن q قىممىتى 9، شىتىرىخ كود تەڭشەش ۋە شىتىرىخ كودنى كېسىش. ئەۋرىشكىلەر 72 سائەت تەرتىپ بويىچە تەكشۈرۈلدى، ئۇنىڭدىن كېيىن ئاساسىي چاقىرىش سانلىق مەلۇماتلىرى تېخىمۇ كۆپ بىر تەرەپ قىلىش ۋە تەھلىل قىلىش ئۈچۈن يوللاندى.
بىئوئىنفورماتىكا بىر تەرەپ قىلىش ئىلگىرى تەسۋىرلەنگەن ئۇسۇللار ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى (Greenman et al., 2024). تەرتىپلەش ئارقىلىق ئېرىشكەن FASTQ ھۆججەتلىرى ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن مۇندەرىجىلەرگە بۆلۈندى. بىئوئىنفورماتىكا ئانالىزىدىن ئىلگىرى، سانلىق مەلۇماتلار تۆۋەندىكى يول ئارقىلىق بىر تەرەپ قىلىندى: ئالدى بىلەن، ئەۋرىشكەلەرنىڭ FASTQ ھۆججەتلىرى بىرلا FASTQ ھۆججىتىگە بىرلەشتۈرۈلدى. ئاندىن، 1000 bp دىن قىسقا ئوقۇشلار Filtlong v. 0.2.1 ئارقىلىق سۈزۈلدى، ئۆزگەرتىلگەن بىردىنبىر پارامېتىر –min_length 1000 بولدى (Wick, 2024). تېخىمۇ سۈزۈشتىن ئىلگىرى، ئوقۇش سۈپىتى NanoPlot v. 1.41.3 ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن كونترول قىلىندى: –fastq –plots dot –N50 -o(دې كوستېر ۋە رادېماكېرس، 2023). ئوقۇشلار minimap2 v. 2.24-r1122 ئارقىلىق چاشقاننىڭ پايدىلىنىش گېنومى GRCm39 (GCF_000001635.27) بىلەن ماسلاشتۇرۇلۇپ، تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن ساھىبخانىدىن بۇلغانغان ئوقۇشلارنى چىقىرىۋېتىلدى: -L -ax map-ont(Lee, 2018). ھاسىل قىلىنغان تەڭشەش ھۆججەتلىرى samtools v. 1.16.1 دىكى samtools view -b (Danecek et al., 2021) ئارقىلىق BAM فورماتىغا ئايلاندۇرۇلدى. ئاندىن samtools view -b -f 4 ئارقىلىق تەڭشىلەنمىگەن ئوقۇشلار ئېنىقلاندى، بۇ ئوقۇشلارنىڭ خوجايىن گېنومىغا تەۋە ئەمەسلىكىنى كۆرسىتىدۇ. تەڭشىلەنمىگەن ئوقۇشلار samtools bam2fq ئارقىلىق سۈكۈتتىكى پارامېتىرلار بىلەن FASTQ فورماتىغا قايتۇرۇلدى. NanoPlot ئىلگىرى تەسۋىرلەنگەن تەڭشەكلەر ئارقىلىق سۈزۈلگەن ئوقۇشلاردا قايتا ئىجرا قىلىندى. سۈزۈلگەندىن كېيىن، metagenomic سانلىق مەلۇماتلار metaflye v. 2.8.2-b1689 ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن توپلاندى: –nano-raw–meta (Kolmogorov قاتارلىقلار، 2020). قالغان پارامېتىرلارنى ئۆزلۈكىدىن قالدۇرۇڭ. يىغىشتىن كېيىن، سۈزۈلگەن ئوقۇشلار minimap2 ئارقىلىق يىغىشقا ماسلاشتۇرۇلدى، ۋە -ax map-ont پارامېتىرى SAM فورماتىدا تەڭشەش ھۆججىتى ھاسىل قىلىش ئۈچۈن ئىشلىتىلدى. يىغىش ئالدى بىلەن racon v. 1.4.20 ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن مۇكەممەللەشتۈرۈلدى: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u (Vaser قاتارلىقلار، 2017). racon تاماملانغاندىن كېيىن، medaka v. 1.7.2 ئارقىلىق medaka_consesus ئارقىلىق تېخىمۇ مۇكەممەللەشتۈرۈلدى، -m پارامېتىرىدىن باشقا بارلىق پارامېتىرلار ئۆزلۈكىدىن ئۆزگەرمىدى. -m پارامېتىرى r941_min_hac_g507 غا تەڭشەلدى، بۇ سانلىق مەلۇماتلىرىمىز ئۈچۈن ئىشلىتىلىدىغان ئېقىم ھۈجەيرىسى خىمىيىسى ۋە يۇقىرى ئېنىقلىقتىكى ئاساسىي چاقىرىشنى بەلگىلەيدۇ (nanoporetech/medaka, 2024). سۈزۈلگەن سانلىق مەلۇماتلار (بۇنىڭدىن كېيىن مىكروب سانلىق مەلۇماتلىرى دەپ ئاتىلىدۇ) ۋە ئاخىرقى تازىلانغان يىغىن كېيىنكى ئانالىز ئۈچۈن ئىشلىتىلدى.
تۈرگە ئايرىش ئۈچۈن، ئوقۇش ۋە يىغىۋېلىنغان ئۇلىنىشلار Kraken2 v. 2.1.2 (Wood et al., 2019) ئارقىلىق تۈرگە ئايرىلدى. ئوقۇش ۋە يىغىۋېلىنغانلار ئۈچۈن ئايرىم-ئايرىم ھالدا دوكلات ۋە چىقىرىش ھۆججەتلىرىنى ھاسىل قىلىڭ. ئوقۇش ۋە يىغىۋېلىنغانلارنى تەھلىل قىلىش ئۈچۈن –use-names تاللانمىسىنى ئىشلىتىڭ. ئوقۇش بۆلەكلىرى ئۈچۈن –gzip-سىقىلغان ۋە –جۈپلەشتۈرۈلگەن تاللانمىلار بەلگىلەنگەن. مېتاگېنوملاردىكى تۈرگە ئايرىشلارنىڭ نىسپىي موللۇقى Bracken v. 2.8 (Lu et al., 2017) ئارقىلىق مۆلچەرلەندى. بىز ئالدى بىلەن bracken-build ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن 1000 بازىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان kmer سانلىق مەلۇمات ئامبىرى قۇردۇق: -d-k 35 -l 1000 قۇرۇلغاندىن كېيىن، bracken kraken2 تەرىپىدىن ھاسىل قىلىنغان دوكلاتقا ئاساسەن ئىجرا بولىدۇ ۋە تۆۋەندىكى تاللاشلار ئارقىلىق سانلىق مەلۇماتلارنى سۈزىدۇ: -d -I -O-p 1000 -l

بۇلارنىڭ ئىچىدە، تەھلىل قىلىنىۋاتقان تۈرگە ئايرىش دەرىجىسىگە ئاساسەن P، G ياكى S تاللىنىدۇ. يالغان مۇسبەت تۈرگە ئايرىشلارنىڭ تەسىرىنى ئەڭ تۆۋەن چەككە چۈشۈرۈش ئۈچۈن، ئەڭ تۆۋەن نىسپىي موللۇق چېكى 1e-4 (1/10,000 ئوقۇش) قوللىنىلدى. ستاتىستىكىلىق ئانالىزدىن ئىلگىرى، Bracken تەرىپىدىن دوكلات قىلىنغان نىسپىي موللۇقلار (fraction_total_reads) مەركەزلىك log-ratio (CLR) ئۆزگەرتىش ئارقىلىق ئۆزگەرتىلدى (Aitchison, 1982). CLR ئۇسۇلى سانلىق مەلۇمات ئۆزگەرتىش ئۈچۈن تاللانغان، چۈنكى ئۇ كۆلەم ئۆزگەرمەيدۇ ۋە ئاز سانلىق مەلۇماتلار توپلىمى ئۈچۈن يېتەرلىك (Gloor et al., 2017). CLR ئۆزگەرتىشتە تەبىئىي لوگارىفما ئىشلىتىلىدۇ. Bracken تەرىپىدىن دوكلات قىلىنغان سان سانلىق مەلۇماتلىرى نىسپىي log ئىپادىسى (RLE) ئارقىلىق نورماللاشتۇرۇلدى (Anders and Huber, 2010). سانلىق مەلۇماتلار matplotlib v. 3.7.1، seaborn v. 3.7.2 ۋە ئارقا-ئارقىدىن كېلىدىغان لوگارىفمالارنىڭ بىرىكمىسى ئارقىلىق ھاسىل قىلىندى (Gloor et al., 2017). 0.12.2 ۋە stantanotations v. 0.5.0 (Hunter, 2007; Waskom, 2021; Charlier قاتارلىقلار، 2022). ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن نورماللاشتۇرۇلغان باكتېرىيە سانى ئارقىلىق باكتېرىيە/باكتېروئىدېتېس نىسبىتى ھېسابلىنىدۇ. جەدۋەللەردە كۆرسىتىلگەن قىممەتلەر 4 كەسىرلىك ئورۇنغا يۇمىلاقلىنىدۇ. سىمپسون كۆپ خىللىق كۆرسەتكۈچى KrakenTools v. 1.2 بولىقىدا تەمىنلەنگەن alpha_diversity.py سىكرىپتى ئارقىلىق ھېسابلىنىدۇ (Lu قاتارلىقلار، 2022). سىكرىپتىدا Bracken دوكلاتى، -an پارامېتىرى ئۈچۈن سىمپسون كۆرسەتكۈچى «Si» بېرىلگەن. موللۇقتىكى مۇھىم پەرقلەر ئوتتۇرىچە CLR پەرقى ≥ 1 ياكى ≤ -1 دەپ ئېنىقلانغان. ئوتتۇرىچە CLR پەرقى ±1 بولسا، ئەۋرىشكە تىپىنىڭ موللۇقىنىڭ 2.7 ھەسسە ئاشقانلىقىنى كۆرسىتىدۇ. (+/-) بەلگىسى تاكسوننىڭ PPA ئەۋرىشكىسى ۋە كونترول ئەۋرىشكىسىدە ئايرىم-ئايرىم ھالدا كۆپ ياكى كۆپ ئەمەسلىكىنى كۆرسىتىدۇ. مۇھىملىق مان-ۋىتنىي U سىنىقى ئارقىلىق بېكىتىلدى (ۋىرتانېن قاتارلىقلار، 2020). Statsmodels v. 0.14 (بېنجامىنى ۋە خوچبېرگ، 1995؛ سىبولد ۋە پېركتولد، 2010) ئىشلىتىلدى، ھەمدە كۆپ قېتىملىق سىناقنى تۈزىتىش ئۈچۈن بېنجامىنى-خوچبېرگ ئۇسۇلى قوللىنىلدى. ستاتىستىكىلىق مۇھىملىقنى بەلگىلەشتە تەڭشەلگەن p-قىممىتى ≤ 0.05 چەك قىممىتى ئىشلىتىلدى.
گېن ئىزاھلاش ۋە نىسپىي موللۇقنى باھالاش Maranga قاتارلىقلار تەسۋىرلىگەن پروتوكولنىڭ ئۆزگەرتىلگەن نۇسخىسى ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى (Maranga قاتارلىقلار، 2023). ئالدى بىلەن، SeqKit v. 2.5.1 (Shen قاتارلىقلار، 2016) ئارقىلىق بارلىق يىغىلىشلاردىن 500 bp دىن قىسقا بولغان كونتىگلار چىقىرىۋېتىلدى. ئاندىن تاللانغان يىغىلىشلار pan-metagenome غا بىرلەشتۈرۈلدى. ئوچۇق ئوقۇش رامكىسى (ORFs) Prodigal v. 1.0.1 (Prodigal v. 2.6.3 نىڭ پاراللېل نۇسخىسى) ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن ئېنىقلاندى: -d-f gff-i -O-T 24 -p meta -C 10000 (Hyett et al., 2012; Jaenicke, 2024). نەتىجىدە ھاسىل بولغان نۇكلېئوتىد ھۆججەتلىرى Python ئارقىلىق سۈزۈلۈپ، بارلىق تولۇقسىز گېنلار چىقىرىۋېتىلدى. ئاندىن CD-HIT v. 4.8.1 گېنلارنى تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن توپلاش ئۈچۈن ئىشلىتىلدى: cd-hit-est -i -O-c 0.95 -s 0.85 -aS 0.9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (Fu قاتارلىقلار، 2012). ھاسىل قىلىنغان ئارتۇقچە بولمىغان گېن كاتالوگى گېن موللۇقى ۋە ئىزاھاتىنى مۆلچەرلەشكە ئىشلىتىلدى. نىسپىي گېن موللۇقى KMA v. 1.4.9 (Clausen قاتارلىقلار، 2018) ئارقىلىق مۆلچەرلەندى. ئالدى بىلەن، تۆۋەندىكى پارامېتىرلارغا ئىگە KMA كۆرسەتكۈچىنى ئىشلىتىپ كۆرسەتكۈچ ھۆججىتى قۇرۇڭ: -i -Oئاندىن، بىئوئىنفورماتىكا تۇرۇبا يولى بۆلىكىدە تەسۋىرلەنگەندەك، ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن مىكرو ئورگانىزم ئوقۇشلىرى بىلەن بىرلىكتە ھاسىل قىلىنغان ئىندېكىسنى ئىشلىتىپ، KMA تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن ئىجرا قىلىندى: -i -O-t_db-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. ئاندىن، CLR ئارقىلىق گېن سانى نورماللاشتۇرۇلدى، ھەمدە Sci-kit learn نىڭ ئاساسلىق تەركىب ئانالىزى (PCA) سىنىپى ئىشلىتىلدى (Pedregosa قاتارلىقلار، 2011). مۆلچەرلەنگەن گېن ئىزاھاتى eggNOG v. 2.1.12 نىڭ emapper.py سىكرىپتى ۋە eggNOG سانلىق مەلۇمات ئامبىرى 5.0.2 نەشرى ئارقىلىق تۆۋەندىكى پارامېتىرلار بىلەن ئارتۇقچە بولمىغان گېن كاتالوگىدا ئېلىپ بېرىلدى: –itype CDS –cpu 24 -i– سانلىق مەلۇماتلار كاتالوگى–go_evidence ئېلېكترونلۇق ئەمەس – چىقىرىش– چىقىرىش مۇندەرىجىسى–target_orthologs ھەممىسى –seed_ortholog_evalue 0.001 –seed_ortholog_score 60 –query_cover 20 –subject_cover 0 –translate –override –temp_dir(Cantalapiedra قاتارلىقلار، 2021). KMA نەتىجىلىرى يېتەرلىك قېلىپ قاپلاش دائىرىسى ۋە قېلىپ كىملىكى (≥ 90%) ۋە موللۇقى (چوڭقۇرلۇقى ≥ 3) بولغان گېنلارنى تاللاش ئۈچۈن تەكشۈرۈلدى. KMA چوڭقۇرلۇق نەتىجىلىرى يۇقىرىدا بايان قىلىنغاندەك CLR ئارقىلىق ئۆزگەرتىلدى. ئاندىن KMA نەتىجىلىرى ھەر بىر گېننىڭ contig مەنبەسى ئارقىلىق فۇنكسىيەلىك ئىزاھات ۋە تۈرگە ئايرىش نەتىجىلىرىدىن كەلگەن contig ID لىرى بىلەن سېلىشتۇرۇلدى. تۈرگە ئايرىشلارغا ئوخشاش، گېن موللۇقىدىكى مۇھىم پەرقلەر ئوتتۇرىچە CLR پەرقى ≥ 1 ياكى ≤ -1 بولغان گېنلار دەپ ئېنىقلاندى، بۇ بەلگە (+/-) گېننىڭ PPA ياكى كونترول ئەۋرىشكىلىرىدە تېخىمۇ مول ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىدۇ.
گېنلار ئالدى بىلەن كىيوتو گېن ۋە گېنوم ئېنسىكلوپېدىيەسى (KEGG) نىڭ ئورتولوگ (KO) ئېنىقلىغۇچلىرىغا ئاساسەن گۇرۇپپىلانغان بولۇپ، eggNOG تەرىپىدىن گېن يولىنىڭ موللۇقىنى سېلىشتۇرۇش ئۈچۈن بېكىتىلگەن. تەھلىل قىلىشتىن بۇرۇن، نوكاۋتسىز ياكى كۆپ نوكاۋتلىق گېنلار چىقىرىۋېتىلگەن. ئاندىن ھەر بىر ئەۋرىشكە ئۈچۈن ھەر بىر KO نىڭ ئوتتۇرىچە موللۇقى ھېسابلىنىپ، ستاتىستىكىلىق ئانالىز ئېلىپ بېرىلغان. PPA ماددا ئالمىشىش گېنلىرى KEGG_Pathway ئىستونىدا ko00640 قۇرى بېرىلگەن ھەر قانداق گېن دەپ ئېنىقلانغان بولۇپ، KEGG غا ئاساسەن پروپىئونات ماددا ئالمىشىشىدىكى رولىنى كۆرسىتىدۇ. PPA ئىشلەپچىقىرىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك دەپ ئېنىقلانغان گېنلار قوشۇمچە جەدۋەل 1 دا كۆرسىتىلگەن (Reichardt et al., 2014; Yang et al., 2017). ھەر بىر ئەۋرىشكە تىپىدا كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە مول بولغان PPA ماددا ئالمىشىش ۋە ئىشلەپچىقىرىش گېنلىرىنى ئېنىقلاش ئۈچۈن پېرمۇتاتسىيە سىنىقى ئېلىپ بېرىلغان. تەھلىل قىلىنغان ھەر بىر گېن ئۈچۈن مىڭ پېرمۇتاتسىيە ئېلىپ بېرىلغان. ستاتىستىكىلىق ئەھمىيىتىنى بېكىتىش ئۈچۈن 0.05 p قىممىتى چەكلىمە سۈپىتىدە ئىشلىتىلگەن. توپ ئىچىدىكى ۋەكىللىك گېنلارنىڭ ئىزاھاتلىرىغا ئاساسەن توپ ئىچىدىكى يەككە گېنلارغا فۇنكسىيەلىك ئىزاھاتلار بېرىلگەن. PPA ماددا ئالمىشىشى ۋە/ياكى PPA ئىشلەپچىقىرىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك تاكسونلارنى Kraken2 چىقىرىش ھۆججىتىدىكى كونتىگ ID لارنى eggNOG ئارقىلىق فۇنكسىيەلىك ئىزاھلاش جەريانىدا ساقلانغان ئوخشاش كونتىگ ID لار بىلەن ماسلاشتۇرۇش ئارقىلىق ئېنىقلىغىلى بولىدۇ. مۇھىملىق سىنىقى ئىلگىرى تەسۋىرلەنگەن Mann-Whitney U سىنىقى ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. كۆپ قېتىملىق سىناققا تۈزىتىش Benjamini-Hochberg ئۇسۇلى ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى. ≤ 0.05 p-قىممىتى ستاتىستىكىلىق مۇھىملىقنى بېكىتىش ئۈچۈن چەكلىمە سۈپىتىدە ئىشلىتىلدى.
چاشقانلارنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئومىنىڭ كۆپ خىللىقى سىمپسون كۆپ خىللىق كۆرسەتكۈچى ئارقىلىق باھالانغان. كونترول گۇرۇپپىسى ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدا جىنىس ۋە تۈر كۆپ خىللىقى جەھەتتە كۆرۈنەرلىك پەرق كۆرۈلمىگەن (جىنىس ئۈچۈن p-قىممىتى: 0.18، تۈر ئۈچۈن p-قىممىتى: 0.16) (1-رەسىم). ئاندىن مىكروبلارنىڭ تەركىبى ئاساسلىق تەركىب ئانالىزى (PCA) ئارقىلىق سېلىشتۇرۇلغان. 2-رەسىمدە ئەۋرىشكىلەرنىڭ تۈرى بويىچە توپلىنىشى كۆرسىتىلگەن بولۇپ، بۇ PPA ۋە كونترول ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدا مىكروبلارنىڭ تۈر تەركىبىدە پەرق بارلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. بۇ توپلىنىش جىنىس سەۋىيىسىدە ئانچە روشەن ئەمەس، بۇ PPA نىڭ بەزى باكتېرىيەلەرگە تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ (قوشۇمچە رەسىم 1).
1-رەسىم. چاشقان ئۈچەي مىكرو بىئومىنىڭ ئالفا كۆپ خىللىقى ۋە تۈرلىرىنىڭ تەركىبى. PPA ۋە كونترول ئەۋرىشكىلىرىدىكى (A) ۋە (B) تۈرلىرىنىڭ سىمپسون كۆپ خىللىق كۆرسەتكۈچلىرىنى كۆرسىتىدىغان قۇتلۇق رەسىملەر. مۇھىملىقى مان-ۋىتنىي U سىنىقى ئارقىلىق بېكىتىلدى، ھەمدە بېنجامىنى-ھوچبېرگ ئۇسۇلى ئارقىلىق كۆپ خىل تۈزىتىش ئېلىپ بېرىلدى. ns، p-قىممىتى مۇھىم ئەمەس ئىدى (p>0.05).
2-رەسىم. چاشقاننىڭ ئۈچەي مىكروبيوم تەركىبىنىڭ تۈر دەرىجىسىدىكى ئاساسلىق تەركىب ئانالىزىنىڭ نەتىجىسى. ئاساسلىق تەركىب ئانالىزى گىرافىكى ئەۋرىشكىلەرنىڭ دەسلەپكى ئىككى ئاساسلىق تەركىب بويىچە تەقسىملىنىشىنى كۆرسىتىدۇ. رەڭلەر ئەۋرىشكە تىپىنى كۆرسىتىدۇ: PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلار بىنەپشە رەڭدە، كونترول چاشقانلىرى سېرىق رەڭدە. ئاساسلىق تەركىبلەر 1 ۋە 2 ئايرىم-ئايرىم ھالدا x ئوقى ۋە y ئوقىغا سىزىلىدۇ، ھەمدە ئۇلارنىڭ چۈشەندۈرۈلگەن ئۆزگىرىش نىسبىتى سۈپىتىدە ئىپادىلىنىدۇ.
RLE ئۆزگەرتىلگەن سان سانلىق مەلۇماتلىرىنى ئىشلىتىپ، كونترول گۇرۇپپىسى ۋە PPA چاشقانلىرىدا ئوتتۇرا باكتېروئىدلار/باكتېرىيە نىسبىتىنىڭ كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە تۆۋەنلىگەنلىكى كۆزىتىلدى (كونترول گۇرۇپپىسى: 9.66، PPA: 3.02؛ p-قىممەت = 0.0011). بۇ پەرق كونترول گۇرۇپپىسىغا سېلىشتۇرغاندا PPA چاشقانلىرىدا باكتېروئىدلارنىڭ كۆپلۈكىنىڭ يۇقىرى بولۇشىدىن كېلىپ چىققان، گەرچە پەرق ئانچە چوڭ بولمىسىمۇ (كونترول گۇرۇپپىسىدىكى ئوتتۇرىچە CLR: 5.51، PPA گۇرۇپپىسىدىكى ئوتتۇرىچە CLR: 6.62؛ p-قىممەت = 0.054)، باكتېروئىدلارنىڭ كۆپلۈكى ئوخشاش ئىدى (كونترول گۇرۇپپىسىدىكى ئوتتۇرىچە CLR: 7.76، PPA گۇرۇپپىسىدىكى ئوتتۇرىچە CLR: 7.60؛ p-قىممەت = 0.18).
ئۈچەي مىكرو بىئومىسىنىڭ تۈرگە ئايرىش ئەزالىرىنىڭ موللۇقىنى تەھلىل قىلىش ئارقىلىق، PPA ۋە كونترول ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدا 1 تۈر ۋە 77 تۈرنىڭ زور دەرىجىدە پەرقلىنىدىغانلىقى بايقالدى (قوشۇمچە جەدۋەل 2). PPA ئەۋرىشكىلىرىدىكى 59 تۈرنىڭ موللۇقى كونترول ئەۋرىشكىلىرىدىكىدىن زور دەرىجىدە يۇقىرى، كونترول ئەۋرىشكىلىرىدىكى پەقەت 16 تۈرنىڭ موللۇقى PPA ئەۋرىشكىلىرىدىكىدىن يۇقىرى (3-رەسىم).
3-رەسىم. PPA ۋە كونترول چاشقانلىرىنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئومىدىكى تاكسونلارنىڭ پەرقلىق موللۇقى. ۋولقان رەسىملىرى PPA ۋە كونترول ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدىكى ئۇرۇقداشلار (A) ياكى تۈرلەر (B) نىڭ موللۇقىدىكى پەرقنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. كۈلرەڭ نۇقتىلار تاكسونلارنىڭ موللۇقىدا مۇھىم پەرق يوقلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. رەڭلىك نۇقتىلار موللۇقتىكى مۇھىم پەرقنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ (p-قىممىتى ≤ 0.05). ئەۋرىشكە تۈرلىرى ئارىسىدىكى موللۇقتىكى ئەڭ چوڭ پەرقكە ئىگە ئالدىنقى 20 تاكسون ئايرىم-ئايرىم ھالدا قىزىل ۋە ئوچۇق كۆك رەڭدە (كونترول ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرى) كۆرسىتىلدى. سېرىق ۋە بىنەپشە نۇقتىلار كونترول ياكى PPA ئەۋرىشكىلىرىدە كونترولغا قارىغاندا كەم دېگەندە 2.7 ھەسسە كۆپ بولغان. قارا نۇقتىلار موللۇقى كۆرۈنەرلىك پەرقلىق تاكسونلارنى ئىپادىلەيدۇ، ئوتتۇرىچە CLR پەرقى -1 بىلەن 1 ئارىسىدا. P قىممەتلىرى Mann-Whitney U سىنىقى ئارقىلىق ھېسابلىنىدۇ ۋە Benjamini-Hochberg ئۇسۇلى ئارقىلىق كۆپ قېتىملىق سىناق ئۈچۈن تۈزىتىلىدۇ. قېلىن ئوتتۇرىچە CLR پەرقى موللۇقتىكى مۇھىم پەرقنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
ئاشقازان-ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ تەركىبىنى تەھلىل قىلغاندىن كېيىن، بىز مىكروبيومنىڭ فۇنكسىيەلىك ئىزاھاتىنى ئېلىپ باردۇق. سۈپەتسىز گېنلارنى سۈزۈپ چىققاندىن كېيىن، بارلىق ئەۋرىشكىلەردە جەمئىي 378355 ئۆزگىچە گېن بايقالدى. بۇ گېنلارنىڭ ئۆزگەرتىلگەن مىقدارى ئاساسلىق تەركىب ئانالىزى (PCA) ئۈچۈن ئىشلىتىلدى، نەتىجىدە ئەۋرىشكە تىپلىرىنىڭ فۇنكسىيەلىك ئارخىپىغا ئاساسەن يۇقىرى دەرىجىدە توپلانغانلىقى كۆرسىتىلدى (4-رەسىم).
4-رەسىم. چاشقاننىڭ ئۈچەي مىكروبيومىسىنىڭ فۇنكسىيەلىك پروفىلى ئارقىلىق PCA نەتىجىلىرى. PCA گىرافىكى ئەۋرىشكىلەرنىڭ دەسلەپكى ئىككى ئاساسلىق تەركىبىي قىسمىدىكى تەقسىملىنىشىنى كۆرسىتىدۇ. رەڭلەر ئەۋرىشكە تىپىنى كۆرسىتىدۇ: PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلار بىنەپشە رەڭدە، كونترول چاشقانلىرى سېرىق رەڭدە. ئاساسلىق تەركىبلەر 1- ۋە 2- ئايرىم-ئايرىم ھالدا x ئوقى ۋە y ئوقىغا سىزىلىدۇ، ھەمدە ئۇلارنىڭ چۈشەندۈرۈلگەن ئۆزگىرىش نىسبىتى سۈپىتىدە ئىپادىلىنىدۇ.
ئاندىن بىز ھەر خىل ئەۋرىشكە تىپلىرىدىكى KEGG نوكاۋتلىرىنىڭ موللۇقىنى تەكشۈردۇق. جەمئىي 3648 خىل ئۆزگىچە نوكاۋت بايقالغان بولۇپ، بۇنىڭ ئىچىدە 196 گېن كونترول ئەۋرىشكىسىدە كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە كۆپ، 106 گېن PPA ئەۋرىشكىسىدە تېخىمۇ كۆپ بولغان (5-رەسىم). كونترول ئەۋرىشكىسىدە جەمئىي 145 گېن، PPA ئەۋرىشكىسىدە 61 گېن بايقالغان بولۇپ، موللۇقى كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە پەرقلەنگەن. PPA ئەۋرىشكىسىدە ماي ​​ۋە ئامىنو شېكەر ئالمىشىشىغا مۇناسىۋەتلىك يوللار كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە مول بولغان (قوشۇمچە جەدۋەل 3). كونترول ئەۋرىشكىسىدە ئازوت ئالمىشىشى ۋە كۈكىرت رېلې سىستېمىسىغا مۇناسىۋەتلىك يوللار كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە مول بولغان (قوشۇمچە جەدۋەل 3). ئامىنو شېكەر/نۇكلېئوتىد ئالمىشىشى (ko:K21279) ۋە ئىنوزىتول فوسفات ئالمىشىشىغا (ko:K07291) مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ موللۇقى PPA ئەۋرىشكىسىدە كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە يۇقىرى بولغان (5-رەسىم). كونترول ئەۋرىشكىلىرىدە بېنزوات مېتابولىزمى (ko:K22270)، ئازوت مېتابولىزمى (ko:K00368) ۋە گلىكولىز/گلىكونېئوگېنېز (ko:K00131) بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلار كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە كۆپ ئىدى (5-رەسىم).
رەسىم 5. PPA ۋە كونترول چاشقانلىرىنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئومىدىكى KO نىڭ پەرقلىق موللۇقى. ۋولقان رەسىمى فۇنكسىيەلىك گۇرۇپپىلارنىڭ (KO) موللۇقىدىكى پەرقنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. كۈلرەڭ نۇقتىلار ئۈلگە تىپلىرى ئارىسىدا موللۇقى روشەن پەرقلەنمىگەن KO لارنى كۆرسىتىدۇ (p-قىممىتى > 0.05). رەڭلىك نۇقتىلار موللۇقتىكى كۆرۈنەرلىك پەرقنى كۆرسىتىدۇ (p-قىممىتى ≤ 0.05). ئۈلگە تىپلىرى ئارىسىدا موللۇقى ئەڭ چوڭ پەرقكە ئىگە 20 KO قىزىل ۋە ئوچۇق كۆك رەڭدە كۆرسىتىلدى، بۇ ئايرىم-ئايرىم ھالدا كونترول ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرىگە ماس كېلىدۇ. سېرىق ۋە بىنەپشە نۇقتىلار كونترول ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرىدە ئايرىم-ئايرىم ھالدا كەم دېگەندە 2.7 ھەسسە كۆپ بولغان KO لارنى كۆرسىتىدۇ. قارا نۇقتىلار موللۇقى كۆرۈنەرلىك پەرقكە ئىگە KO لارنى كۆرسىتىدۇ، ئوتتۇرىچە CLR پەرقى -1 بىلەن 1 ئارىسىدا. P قىممەتلىرى Mann-Whitney U سىنىقى ئارقىلىق ھېسابلىنىدۇ ۋە Benjamini-Hochberg ئۇسۇلى ئارقىلىق كۆپ خىل سېلىشتۇرۇشلار ئۈچۈن تەڭشەلدى. NaN KO نىڭ KEGG دىكى يولغا تەۋە ئەمەسلىكىنى كۆرسىتىدۇ. قېلىن ئوتتۇرىچە CLR پەرق قىممىتى موللۇقتىكى كۆرۈنەرلىك پەرقنى كۆرسىتىدۇ. تىزىملىكتىكى KO لارنىڭ قايسى يوللارغا تەۋە ئىكەنلىكى توغرىسىدىكى تەپسىلىي ئۇچۇرلارنى 3-قوشۇمچە جەدۋەلدىن كۆرۈڭ.
ئىزاھاتلىق گېنلار ئىچىدە، 1601 گېننىڭ ئەۋرىشكە تىپلىرى ئارىسىدا موللۇقى كۆرۈنەرلىك پەرقلەنگەن (p ≤ 0.05)، ھەر بىر گېن كەم دېگەندە 2.7 ھەسسە كۆپ بولغان. بۇ گېنلار ئىچىدە، كونترول ئەۋرىشكىسىدە 4 گېن، PPA ئەۋرىشكىسىدە 1597 گېن كۆپ بولغان. PPA مىكروبقا قارشى تۇرۇش خۇسۇسىيىتىگە ئىگە بولغاچقا، بىز ئەۋرىشكە تىپلىرى ئارىسىدىكى PPA ماددا ئالمىشىشى ۋە ئىشلەپچىقىرىش گېنلىرىنىڭ موللۇقىنى تەكشۈردۇق. 1332 PPA ماددا ئالمىشىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېنلار ئىچىدە، كونترول ئەۋرىشكىسىدە 27 گېن، PPA ئەۋرىشكىسىدە 12 گېن كۆپ بولغان. 223 PPA ئىشلەپچىقىرىشقا مۇناسىۋەتلىك گېنلار ئىچىدە، PPA ئەۋرىشكىسىدە 1 گېن كۆپ بولغان. 6A-رەسىمدە PPA ماددا ئالمىشىشىغا قاتناشقان گېنلارنىڭ موللۇقى يۇقىرى، كونترول ئەۋرىشكىسىدە موللۇقى كۆرۈنەرلىك يۇقىرى ۋە ئۈنۈم چوڭلۇقى چوڭ ئىكەنلىكى كۆرسىتىلدى، 6B-رەسىمدە PPA ئەۋرىشكىسىدە موللۇقى كۆرۈنەرلىك يۇقىرى بولغان يەككە گېنلار كۆرسىتىلدى.
رەسىم 6. چاشقان ئۈچەي مىكرو بىئومىدىكى PPA بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ پەرقلىق موللۇقى. ۋولقان رەسىملىرى PPA ماددا ئالمىشىشى (A) ۋە PPA ئىشلەپچىقىرىش (B) بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ موللۇقىدىكى پەرقنى كۆرسىتىدۇ. كۈلرەڭ نۇقتىلار ئۈلگە تىپلىرى ئارىسىدا موللۇقى روشەن پەرقلەنمىگەن گېنلارنى كۆرسىتىدۇ (p-قىممىتى > 0.05). رەڭلىك نۇقتىلار موللۇقتىكى روشەن پەرقنى كۆرسىتىدۇ (p-قىممىتى ≤ 0.05). موللۇقتىكى ئەڭ چوڭ پەرقكە ئىگە 20 گېن ئايرىم-ئايرىم ھالدا قىزىل ۋە ئوچۇق كۆك رەڭدە (كونترول ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرى) كۆرسىتىلدى. كونترول ۋە PPA ئەۋرىشكىلىرىدە سېرىق ۋە بىنەپشە رەڭلىك نۇقتىلارنىڭ موللۇقى كونترول ئەۋرىشكىلىرىگە قارىغاندا كەم دېگەندە 2.7 ھەسسە يۇقىرى بولدى. قارا نۇقتىلار موللۇقى كۆرۈنەرلىك پەرقلەنگەن گېنلارنى كۆرسىتىدۇ، ئوتتۇرىچە CLR پەرقى -1 بىلەن 1 ئارىسىدا. P قىممىتى Mann-Whitney U سىنىقى ئارقىلىق ھېسابلىنىدۇ ۋە Benjamini-Hochberg ئۇسۇلى ئارقىلىق كۆپ خىل سېلىشتۇرۇشلار ئۈچۈن تۈزىتىلدى. گېنلار ئارتۇقچە بولمىغان گېن كاتالوگىدىكى ۋەكىللىك گېنلارغا ماس كېلىدۇ. گېن ناملىرى KO گېنىنى كۆرسىتىدىغان KEGG بەلگىسىدىن تەركىب تاپقان. قېلىن ئوتتۇرىچە CLR پەرقى موللۇقتىكى روشەن پەرقنى كۆرسىتىدۇ. سىزىقچە (-) بولسا، KEGG سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدا بۇ گېننىڭ بەلگىسى يوقلۇقىنى كۆرسىتىدۇ.
PPA ماددا ئالمىشىشى ۋە/ياكى ئىشلەپچىقىرىشقا مۇناسىۋەتلىك گېنلارغا ئىگە بولغان تۈرگە ئايرىشلار، گېننىڭ contig نومۇرى بىلەن contig نىڭ تۈرگە ئايرىش كىملىكىنى ماسلاشتۇرۇش ئارقىلىق ئېنىقلاندى. تۈرگە ئايرىش دەرىجىسىدە، 130 تۈرگە ئايرىشتا PPA ماددا ئالمىشىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېنلار، 61 تۈرگە ئايرىشتا PPA ئىشلەپچىقىرىشقا مۇناسىۋەتلىك گېنلار بارلىقى بايقالدى (قوشۇمچە جەدۋەل 4). قانداقلا بولمىسۇن، ھېچقانداق تۈرگە ئايرىشتا كۆرۈنەرلىك پەرق كۆرۈلمىدى (p > 0.05).
تۈر دەرىجىسىدە، 144 باكتېرىيە تۈرىدە PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلار، 68 باكتېرىيە تۈرىدە PPA ئىشلەپچىقىرىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلار بارلىقى بايقالدى (قوشۇمچە جەدۋەل 5). PPA ماددا ئالمىشقۇچىلىرى ئىچىدە، سەككىز باكتېرىيە ئەۋرىشكە تۈرلىرى ئارىسىدا موللۇقنىڭ كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە ئاشقانلىقىنى كۆرسەتتى، ھەمدە ھەممىسىنىڭ ئۈنۈمىدە كۆرۈنەرلىك ئۆزگىرىشلەرنى كۆرسەتتى (قوشۇمچە جەدۋەل 6). موللۇقىدا كۆرۈنەرلىك پەرق بار بارلىق بايقالغان PPA ماددا ئالمىشقۇچىلىرى PPA ئەۋرىشكىلىرىدە تېخىمۇ كۆپ ئىدى. تۈر دەرىجىسىدىكى تۈرگە ئايرىش ئارقىلىق ئەۋرىشكە تۈرلىرى ئارىسىدا روشەن پەرقلەنمەيدىغان تۈرلەرنىڭ ۋەكىللىرى بايقالدى، بۇنىڭ ئىچىدە بىر قانچە Bacteroides ۋە Ruminococcus تۈرلىرى، شۇنداقلا Duncania dubois، Myxobacterium enterica، Monococcus pectinolyticus ۋە Alcaligenes polymorpha قاتارلىقلار بار. PPA ئىشلەپچىقىرىدىغان باكتېرىيەلەر ئىچىدە، تۆت باكتېرىيە ئەۋرىشكە تۈرلىرى ئارىسىدا موللۇقتا كۆرۈنەرلىك پەرقلەرنى كۆرسەتتى. موللۇقىدا كۆرۈنەرلىك پەرق بار تۈرلەر Bacteroides novorossi، Duncania dubois، Myxobacterium enteritidis ۋە Ruminococcus bovis قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.
بۇ تەتقىقاتتا، بىز PPA نىڭ چاشقانلارنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسىگە تەسىرىنى تەكشۈردۇق. PPA بەزى تۈرلەر تەرىپىدىن ئىشلەپچىقىرىلغانلىقى، باشقا تۈرلەر تەرىپىدىن يېمەكلىك مەنبەسى سۈپىتىدە ئىشلىتىلگەنلىكى ياكى مىكروبلارغا قارشى تۇرۇش رولى بولغاچقا، باكتېرىيەلەردە ئوخشىمىغان ئىنكاسلارنى پەيدا قىلالايدۇ. شۇڭا، ئۇنى يېمەكلىك تولۇقلىمىسى ئارقىلىق ئۈچەي مۇھىتىغا قوشۇش، چىدامچانلىقى، سەزگۈرلۈكى ۋە ئۇنى ئوزۇقلۇق مەنبەسى سۈپىتىدە ئىشلىتىش ئىقتىدارىغا ئاساسەن ئوخشىمىغان تەسىرلەرنى پەيدا قىلىشى مۇمكىن. سەزگۈر باكتېرىيە تۈرلىرىنى يوقىتىش ۋە PPA غا تېخىمۇ چىداملىق ياكى ئۇنى يېمەكلىك مەنبەسى سۈپىتىدە ئىشلىتەلەيدىغانلار بىلەن ئالماشتۇرۇشقا بولىدۇ، بۇ ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسىنىڭ تەركىبىدە ئۆزگىرىشلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ. بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز مىكروب تەركىبىدە زور پەرقلەرنى بايقىدى، ئەمما ئومۇمىي مىكروبلارنىڭ كۆپ خىللىقىغا ھېچقانداق تەسىر كۆرسەتمىدى. ئەڭ چوڭ تەسىرلەر تۈر سەۋىيەسىدە كۆزىتىلدى، PPA بىلەن كونترول ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدا 70 تىن ئارتۇق تۈرنىڭ موللۇقى زور دەرىجىدە پەرقلىنىدۇ (قوشۇمچە جەدۋەل 2). PPA غا ئۇچرىغان ئەۋرىشكىلەرنىڭ تەركىبىنى تېخىمۇ باھالاش ئارقىلىق، ئاشكارىلانمىغان ئەۋرىشكىلەرگە سېلىشتۇرغاندا مىكروب تۈرلىرىنىڭ كۆپ خىللىقى بايقالدى، بۇ PPA نىڭ باكتېرىيە ئۆسۈش خۇسۇسىيىتىنى كۈچەيتىشى ۋە PPA غا باي مۇھىتتا ياشىيالايدىغان باكتېرىيە توپىنى چەكلەشى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. شۇڭا، PPA ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ كۆپ خىللىقىنىڭ كەڭ كۆلەمدە بۇزۇلۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىشنىڭ ئورنىغا، تاللاپ ئۆزگىرىشلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىشى مۇمكىن.
PPA قاتارلىق يېمەكلىك ساقلىغۇچى ماددىلار ئىلگىرى ئۈچەي مىكروبيوم تەركىبلىرىنىڭ كۆپ خىللىقىغا تەسىر كۆرسەتمەيلا ئۇلارنىڭ كۆپ خىللىقىنى ئۆزگەرتىدىغانلىقى ئىسپاتلانغان (Nagpal قاتارلىقلار، 2021). بۇ يەردە، بىز PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە مول بولغان Bacteroidetes تۈرىدىكى Bacteroidetes تۈرلىرى (ئىلگىرى Bacteroidetes دەپ ئاتالغان) ئارىسىدىكى ئەڭ روشەن پەرقلەرنى كۆزەتتۇق. Bacteroidetes تۈرلىرىنىڭ كۆپىيىشى شىلىمشىق ماددىلارنىڭ پارچىلىنىشىنىڭ ئېشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇپ، بۇ يۇقۇملىنىش خەۋپىنى ئاشۇرۇپ، ياللۇغلىنىشنى ئىلگىرى سۈرۈشى مۇمكىن (Cornick قاتارلىقلار، 2015؛ Desai قاتارلىقلار، 2016؛ Penzol قاتارلىقلار، 2019). بىر تەتقىقاتتا، Bacteroides fragilis بىلەن داۋالانغان يېڭى تۇغۇلغان ئەر چاشقانلارنىڭ ئاۋتىزم سپېكتىرى قالايمىقانلىشىشىغا (ASD) ئوخشاش ئىجتىمائىي قىلمىشلارنى نامايان قىلغانلىقى بايقالغان (Carmel قاتارلىقلار، 2023)، باشقا تەتقىقاتلاردا Bacteroidetes تۈرلىرىنىڭ ئىممۇنىتېت پائالىيىتىنى ئۆزگەرتىپ، ئۆزلۈكىدىن ئىممۇنىتېت ياللۇغلىنىش كاردىئومىئوپاتىيەسىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغانلىقى كۆرسىتىلگەن (Gil-Cruz قاتارلىقلار، 2019). Ruminococcus، Prevotella ۋە Parabacteroides تۈرىدىكى تۈرلەرنىڭ PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە كۆپىيىشى بايقالغان (Coretti قاتارلىقلار، 2018). بەزى Ruminococcus تۈرلىرى ياللۇغلىنىشقا قارشى تۇرۇش سىتوكىنلىرىنى ئىشلەپچىقىرىش ئارقىلىق كرون كېسىلى قاتارلىق كېسەللىكلەر بىلەن مۇناسىۋەتلىك (Henke قاتارلىقلار، 2019)، Prevotella humani قاتارلىق Prevotella تۈرلىرى يۇقىرى قان بېسىمى ۋە ئىنسۇلىن سەزگۈرلۈكى قاتارلىق ماددا ئالمىشىش كېسەللىكلىرى بىلەن مۇناسىۋەتلىك (Pedersen قاتارلىقلار، 2016؛ Li قاتارلىقلار، 2017). ئاخىرىدا، بىز Bacteroidetes (ئىلگىرى Firmicutes دەپ ئاتالغان) نىڭ Bacteroidetes غا بولغان نىسبىتىنىڭ PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا كونترول چاشقانلىرىغا قارىغاندا كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە تۆۋەن ئىكەنلىكىنى بايقىدۇق، چۈنكى Bacteroidetes تۈرلىرىنىڭ ئومۇمىي مىقدارى يۇقىرى. بۇ نىسبەت ئىلگىرى ئۈچەينىڭ گومېئوستازىنىڭ مۇھىم كۆرسەتكۈچى ئىكەنلىكى ئىسپاتلانغان، ھەمدە بۇ نىسبەتتىكى قالايمىقانچىلىقلار ھەر خىل كېسەللىك ئەھۋالى بىلەن مۇناسىۋەتلىك (Turpin et al., 2016; Takezawa et al., 2021; An et al., 2023)، بۇنىڭ ئىچىدە ياللۇغلىنىشچان ئۈچەي كېسەللىكلىرىمۇ بار (Stojanov et al., 2020). ئومۇمەن قىلىپ ئېيتقاندا، Bacteroidetes تۈرىدىكى تۈرلەر يېمەكلىكتىكى PPA نىڭ يۇقىرى بولۇشىدىن ئەڭ كۈچلۈك تەسىرگە ئۇچرايدۇ. بۇ PPA غا بولغان يۇقىرى چىدامچانلىقى ياكى PPA نى ئېنېرگىيە مەنبەسى سۈپىتىدە ئىشلىتىش ئىقتىدارى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇشى مۇمكىن، بۇ كەم دېگەندە بىر تۈر، Hoylesella enocea دا توغرا ئىكەنلىكى ئىسپاتلانغان (Hitch et al., 2022). يەنە بىر تەرەپتىن، ئانا PPA نىڭ تەسىرى چاشقان ئەۋلادلىرىنىڭ ئۈچەي يولىنى Bacteroidetes نىڭ مۇستەملىكىسىگە تېخىمۇ سەزگۈر قىلىپ، ھامىلىنىڭ تەرەققىياتىنى ئىلگىرى سۈرۈشى مۇمكىن؛ قانداقلا بولمىسۇن، بىزنىڭ تەتقىقات لايىھەمىز بۇنداق باھالاشقا يول قويمىدى.
مېتاگېنومىك مەزمۇننى باھالاشتا PPA ماددا ئالمىشىشى ۋە ئىشلەپچىقىرىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ موللۇقىدا زور پەرقلەر بايقالدى، PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا PPA ئىشلەپچىقىرىشقا مەسئۇل گېنلارنىڭ موللۇقى يۇقىرى، PPA غا ئۇچرىمىغان چاشقانلاردا بولسا PAA ماددا ئالمىشىشىغا مەسئۇل گېنلارنىڭ موللۇقى يۇقىرى بولدى (6-رەسىم). بۇ نەتىجىلەر PPA نىڭ مىكروب تەركىبىگە بولغان تەسىرى پەقەت ئۇنىڭ ئىشلىتىلىشى بىلەنلا مۇناسىۋەتلىك بولماسلىقى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ، بولمىسا PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ موللۇقى PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلارنىڭ ئۈچەي مىكروبيومىسىدا يۇقىرى موللۇقنى كۆرسىتىشى كېرەك ئىدى. بىر چۈشەندۈرۈش شۇكى، PPA باكتېرىيەنىڭ موللۇقىنى ئاساسلىقى باكتېرىيەنىڭ ئوزۇقلۇق ماددىسى سۈپىتىدە ئىشلىتىشى ئارقىلىق ئەمەس، بەلكى مىكروبقا قارشى تۇرۇش رولى ئارقىلىق ۋاسىتىچىلىك قىلىدۇ. ئىلگىرىكى تەتقىقاتلاردا PPA نىڭ مىقدارغا باغلىق ھالدا Salmonella Typhimurium نىڭ ئۆسۈشىنى توسىدىغانلىقى كۆرسىتىلدى (Jacobson et al., 2018). PPA نىڭ يۇقىرى قويۇقلۇقىغا ئۇچراش ئۇنىڭ مىكروبقا قارشى تۇرۇش خۇسۇسىيىتىگە چىداملىق بولغان ۋە ئۇنى ماددا ئالمىشىش ياكى ئىشلەپچىقىرىش ئىقتىدارىغا ئىگە بولماسلىقى مۇمكىن بولغان باكتېرىيەلەرنى تاللىشى مۇمكىن. مەسىلەن، بىر قانچە Parabacteroides تۈرى PPA ئەۋرىشكىلىرىدە كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە يۇقىرى مىقداردا كۆرۈلگەن، ئەمما PPA ماددا ئالمىشىشى ياكى ئىشلەپچىقىرىشىغا مۇناسىۋەتلىك ھېچقانداق گېن بايقالمىغان (قوشۇمچە جەدۋەللەر 2، 4 ۋە 5). ئۇنىڭدىن باشقا، ئېچىتىش قوشۇمچە مەھسۇلاتى سۈپىتىدە PPA ئىشلەپچىقىرىش ھەر خىل باكتېرىيەلەر ئارىسىدا كەڭ تارقالغان (Gonzalez-Garcia قاتارلىقلار، 2017). باكتېرىيەنىڭ كۆپ خىللىقىنىڭ يۇقىرى بولۇشى كونترول ئەۋرىشكىلىرىدە PPA ماددا ئالمىشىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ كۆپ مىقداردا بولۇشىنىڭ سەۋەبى بولۇشى مۇمكىن (Averina قاتارلىقلار، 2020). ئۇنىڭدىن باشقا، 1332 گېننىڭ پەقەت 27سى (2.14%) پەقەت PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلار دەپ مۆلچەرلەنگەن. PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك نۇرغۇن گېنلار باشقا ماددا ئالمىشىش يوللىرىغا قاتنىشىدۇ. بۇ يەنە بىر قېتىم PPA ماددا ئالمىشىشىغا مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ كۆپ مىقداردا كونترول ئەۋرىشكىلىرىدە يۇقىرى ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ؛ بۇ گېنلار PPA نىڭ قوشۇمچە مەھسۇلات سۈپىتىدە ئىشلىتىلىشى ياكى شەكىللىنىشىنى كەلتۈرۈپ چىقارمايدىغان يوللاردا ئىشلىشى مۇمكىن. بۇ خىل ئەھۋالدا، پەقەت PPA ھاسىل قىلىش بىلەن مۇناسىۋەتلىك بىر گېن ئەۋرىشكە تۈرلىرى ئارىسىدا كۆپ مىقداردا كۆرۈنەرلىك پەرقلەرنى كۆرسەتتى. PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلاردىن پەرقلىق ھالدا، PPA ئىشلەپچىقىرىش ئۈچۈن بەلگە گېنلىرى تاللانغان، چۈنكى ئۇلار PPA ئىشلەپچىقىرىشنىڭ باكتېرىيە يولىغا بىۋاسىتە قاتنىشىدۇ. PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا، بارلىق تۈرلەرنىڭ مىقدارى ۋە PPA ئىشلەپچىقىرىش ئىقتىدارى كۆرۈنەرلىك دەرىجىدە ئاشقانلىقى بايقالغان. بۇ PPA لارنىڭ PPA ئىشلەپچىقارغۇچىلىرىنى تاللايدىغانلىقى ۋە شۇڭا PPA ئىشلەپچىقىرىش ئىقتىدارىنىڭ ئاشىدىغانلىقىنى مۆلچەرلەيدىغانلىقىنى قوللايدۇ. قانداقلا بولمىسۇن، گېننىڭ كۆپلۈكى چوقۇم گېننىڭ ئىپادىلىنىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئەمەس؛ شۇڭا، كونترول ئەۋرىشكىلىرىدە PPA ماددا ئالمىشىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ كۆپلۈكى يۇقىرى بولسىمۇ، ئىپادىلىنىش نىسبىتى ئوخشىماسلىقى مۇمكىن (Shi et al., 2014). PPA ئىشلەپچىقارغۇچى گېنلارنىڭ تارقىلىشى بىلەن PPA ئىشلەپچىقىرىش ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەتنى جەزملەشتۈرۈش ئۈچۈن، PPA ئىشلەپچىقىرىشقا قاتناشقان گېنلارنىڭ ئىپادىلىنىشىنى تەتقىق قىلىش كېرەك.
PPA ۋە كونترول مېتاگېنوملىرىنىڭ فۇنكسىيەلىك ئىزاھاتى بەزى پەرقلەرنى ئاشكارىلىدى. گېن تەركىبىنىڭ PCA ئانالىزى PPA ۋە كونترول ئەۋرىشكىلىرى ئارىسىدا ئايرىم توپلارنى ئاشكارىلىدى (5-رەسىم). ئەۋرىشكىدىكى توپلارنى ئايرىش كونترول گېن مىقدارىنىڭ تېخىمۇ كۆپ خىل ئىكەنلىكىنى، PPA ئەۋرىشكىلىرىنىڭ بولسا بىر يەرگە توپلانغانلىقىنى ئاشكارىلىدى. گېن تەركىبى بويىچە توپلارنى ئايرىش تۈر تەركىبى بويىچە توپلارغا ئايرىش بىلەن سېلىشتۇرغىلى بولىدۇ. شۇڭا، يول مىقدارىدىكى پەرقلەر ئۇلارنىڭ ئىچىدىكى ئالاھىدە تۈرلەر ۋە سورتلارنىڭ مىقدارىدىكى ئۆزگىرىشلەر بىلەن ماس كېلىدۇ. PPA ئەۋرىشكىلىرىدە، مىقدارى كۆرۈنەرلىك يۇقىرى بولغان ئىككى يول ئامىنو شېكەر/نۇكلېئوتىد شېكىرىنىڭ ئالمىشىشى (ko:K21279) ۋە كۆپ خىل ماي ئالمىشىشى يوللىرى (ko:K00647, ko:K03801; قوشۇمچە جەدۋەل 3) بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىدى. ko:K21279 بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنىڭ PPA ئەۋرىشكىلىرىدە تۈرلەرنىڭ سانى كۆرۈنەرلىك يۇقىرى بولغان باكتېروئىدلار تۈرى بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكى مەلۇم. بۇ ئېنزىم كاپسۇلا پولىساخارىدلارنى ئىپادىلەش ئارقىلىق ئىممۇنىتېت ئىنكاسىدىن قېچىپ قۇتۇلالايدۇ (Wang et al., 2008). بۇ PPA غا ئۇچرىغان چاشقانلاردا كۆزىتىلگەن باكتېروئىدلارنىڭ كۆپىيىشىنى چۈشەندۈرۈشى مۇمكىن. بۇ PPA مىكرو بىئومىدا كۆزىتىلگەن ياغ كىسلاتاسىنىڭ بىرىكمىسىنىڭ ئېشىشىنى تولۇقلايدۇ. باكتېرىيەلەر FASIIko:K00647 (fabB) يولىنى ئىشلىتىپ ياغ كىسلاتاسىنى ئىشلەپچىقىرىدۇ، بۇ بولسا ساھىبخانىنىڭ ماددا ئالمىشىش يولىغا تەسىر كۆرسىتىشى مۇمكىن (Yao ۋە Rock, 2015; Johnson قاتارلىقلار، 2020)، ماي ئالمىشىشىدىكى ئۆزگىرىشلەر نېرۋا تەرەققىياتىدا رول ئوينايدۇ (Yu قاتارلىقلار، 2020). PPA ئەۋرىشكىلىرىدە كۆپىيىۋاتقان يەنە بىر يول ستېروئىد ھورمۇنىنىڭ بىئوسىنتېزى (ko:K12343). ئۈچەي مىكرو بىئوتىنىڭ ھورمۇن سەۋىيىسىگە تەسىر كۆرسىتىش ۋە ھورمۇنلارنىڭ تەسىرىگە ئۇچراش ئىقتىدارى ئوتتۇرىسىدا تەتۈر مۇناسىۋەت بارلىقىنى ئىسپاتلايدىغان دەلىللەر كۆپىيىۋاتىدۇ، شۇڭا ستېروئىد سەۋىيىسىنىڭ يۇقىرىلىشى كېيىنكى ئېقىمدىكى سالامەتلىككە تەسىر كۆرسىتىشى مۇمكىن (Tetel قاتارلىقلار، 2018).
بۇ تەتقىقات چەكلىمىلەر ۋە ئويلىنىشلاردىن خالىي ئەمەس. مۇھىم بىر پەرق شۇكى، بىز ھايۋانلارنىڭ فىزىئولوگىيىلىك باھالىشىنى ئېلىپ بارمىدۇق. شۇڭا، مىكرو بىئومدىكى ئۆزگىرىشلەرنىڭ ھەر قانداق كېسەللىك بىلەن مۇناسىۋەتلىك ياكى ئەمەسلىكىنى بىۋاسىتە يەكۈنلەش مۇمكىن ئەمەس. يەنە بىر ئويلىنىش شۇكى، بۇ تەتقىقاتتىكى چاشقانلار ئانىسى بىلەن ئوخشاش يېمەك-ئىچمەك بىلەن بېقىلغان. كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلار PPA مول يېمەك-ئىچمەكتىن PPAسىز يېمەك-ئىچمەككە ئالماشتۇرۇشنىڭ مىكرو بىئومغا بولغان تەسىرىنى ياخشىلايدىغان-ياخشىلىمايدىغانلىقىنى بېكىتەلەيدۇ. بىزنىڭ تەتقىقاتىمىزنىڭ بىر چەكلىمىسى، باشقا نۇرغۇن تەتقىقاتلارغا ئوخشاش، ئۈلگە چوڭلۇقىنىڭ چەكلىكلىكى. گەرچە توغرا يەكۈنلەرنى چىقىرىشقا بولسىمۇ، ئەمما چوڭراق ئۈلگە چوڭلۇقى نەتىجىلەرنى تەھلىل قىلغاندا تېخىمۇ چوڭ ستاتىستىكىلىق كۈچ بىلەن تەمىنلەيدۇ. بىز يەنە ئۈچەي مىكرو بىئومدىكى ئۆزگىرىشلەر بىلەن ھەر قانداق كېسەللىك ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەت توغرىسىدا يەكۈن چىقىرىشتا ئېھتىياتچانلىق بىلەن مۇئامىلە قىلىمىز (Yap قاتارلىقلار، 2021). ياش، جىنس ۋە يېمەك-ئىچمەك قاتارلىق قالايمىقان ئامىللار مىكرو ئورگانىزملارنىڭ تەركىبىگە زور تەسىر كۆرسىتىدۇ. بۇ ئامىللار ئۈچەي مىكرو بىئوم بىلەن مۇرەككەپ كېسەللىكلەرنىڭ مۇناسىۋىتى توغرىسىدىكى ئەدەبىياتلاردا كۆزىتىلگەن ماس كەلمەيدىغانلىقلارنى چۈشەندۈرۈشى مۇمكىن (Johnson قاتارلىقلار، 2019؛ Lagod ۋە Naser، 2023). مەسىلەن، Bacteroidetes تۈرىدىكى ئەزالارنىڭ ASD كېسىلىگە گىرىپتار بولغان ھايۋانلار ۋە ئىنسانلاردا كۆپىيىشى ياكى ئازىيىشى بايقالغان (Angelis et al., 2013; Kushak et al., 2017). شۇنىڭغا ئوخشاش، ياللۇغلىنىشچان ئۈچەي كېسىلىگە گىرىپتار بولغان بىمارلارنىڭ ئۈچەي تەركىبىنى تەتقىق قىلىش جەريانىدا ئوخشاش تۈردىكىلەرنىڭ كۆپىيىشى ۋە ئازىيىشى بايقالغان (Walters et al., 2014; Forbes et al., 2018; Upadhyay et al., 2023). جىنىس جەھەتتىكى بىر تەرەپلىمىلىكنىڭ تەسىرىنى چەكلەش ئۈچۈن، بىز جىنىسلارنىڭ باراۋەر ۋەكىللىكىگە كاپالەتلىك قىلىشقا تىرىشتۇق، شۇڭا پەرقلەر ئەڭ كۆپ بولغاندا يېمەك-ئىچمەكتىن كېلىپ چىققان بولۇشى مۇمكىن. فۇنكسىيەلىك ئىزاھاتنىڭ بىر قىيىنچىلىقى ئارتۇقچە گېن تىزىملىكىنى چىقىرىۋېتىشتۇر. بىزنىڭ گېن توپلاش ئۇسۇلىمىز %95 تىزىملىك ​​ئوخشاشلىقى ۋە %85 ئۇزۇنلۇق ئوخشاشلىقى، شۇنداقلا خاتا توپلاشنى يوقىتىش ئۈچۈن %90 ماسلىشىش قاپلىشىنى تەلەپ قىلىدۇ. قانداقلا بولمىسۇن، بەزى ئەھۋاللاردا، بىز ئوخشاش ئىزاھاتلىق COG لارنى كۆزەتتۇق (مەسىلەن، MUT) (6-رەسىم). بۇ ئورتولوگلارنىڭ پەرقلىق ئىكەنلىكىنى، مەلۇم ئۇرۇقلار بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكىنى ياكى بۇنىڭ گېن توپلاش ئۇسۇلىنىڭ چەكلىمىسى ئىكەنلىكىنى ئېنىقلاش ئۈچۈن تېخىمۇ كۆپ تەتقىقاتلار ئېلىپ بېرىشقا توغرا كېلىدۇ. فۇنكسىيەلىك ئىزاھاتنىڭ يەنە بىر چەكلىمىسى خاتا تۈرگە ئايرىش ئېھتىماللىقى؛ باكتېرىيە گېنى mmdA پروپىئونات سىنتېزىغا قاتنىشىدىغان مەلۇم ئېنزىم، ئەمما KEGG ئۇنى پروپىئونات ماددا ئالمىشىش يولى بىلەن باغلىمايدۇ. ئەكسىچە، scpB ۋە mmcD ئورتولوگلىرى مۇناسىۋەتلىك. بەلگىلەنگەن نوكاۋتسىز گېنلارنىڭ كۆپلۈكى گېن موللۇقىنى باھالىغاندا PPA بىلەن مۇناسىۋەتلىك گېنلارنى پەرقلەندۈرەلمەسلىكنى كەلتۈرۈپ چىقىرىشى مۇمكىن. كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلار مېتاترانسكرىپتوم ئانالىزىدىن پايدىلىنىدۇ، بۇ ئۈچەي مىكرو بىئوتىنىڭ فۇنكسىيەلىك ئالاھىدىلىكلىرىنى چوڭقۇر چۈشىنىش ۋە گېن ئىپادىسىنى كېيىنكى ئېقىندىكى مۇمكىن بولغان تەسىرلەر بىلەن باغلاش ئىقتىدارىغا ئىگە قىلىدۇ. مەلۇم نېرۋا تەرەققىيات قالايمىقانچىلىقى ياكى ياللۇغلىنىشچان ئۈچەي كېسەللىكلىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان تەتقىقاتلار ئۈچۈن، مىكرو بىئومنىڭ تەركىبىدىكى ئۆزگىرىشلەرنى بۇ قالايمىقانچىلىقلار بىلەن باغلاش ئۈچۈن ھايۋانلارنىڭ فىزىئولوگىيىلىك ۋە خۇلق-ئاتۋار باھالىشىغا ئېھتىياجلىق. ئۈچەي مىكرو بىئومىنى مىكروبسىز چاشقانلارغا كۆچۈرۈش توغرىسىدىكى قوشۇمچە تەتقىقاتلار مىكرو بىئومنىڭ كېسەللىكنىڭ قوزغاتقۇچ كۈچى ياكى ئالاھىدىلىكى ئىكەنلىكىنى ئېنىقلاشقا پايدىلىق بولىدۇ.
قىسقىسى، بىز يېمەك-ئىچمەكتىكى PPA نىڭ ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ تەركىبىنى ئۆزگەرتىشتە رول ئوينايدىغانلىقىنى ئىسپاتلىدۇق. PPA FDA تەستىقلىغان ھەر خىل يېمەكلىكلەردە كەڭ تارقالغان قوشۇمچە ماددا بولۇپ، ئۇزۇن مۇددەت تەسىرگە ئۇچرىغاندا، نورمال ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ بۇزۇلۇشىغا سەۋەب بولۇشى مۇمكىن. بىز بىر قانچە باكتېرىيەنىڭ مىقدارىدا ئۆزگىرىشلەرنى بايقىدۇق، بۇ PPA نىڭ ئۈچەي مىكروبلىرىنىڭ تەركىبىگە تەسىر كۆرسىتىشى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ. مىكروبلارنىڭ ئۆزگىرىشى بەزى ماددا ئالمىشىش يوللىرىنىڭ سەۋىيەسىدە ئۆزگىرىشلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ، بۇ بولسا ساھىبخانىنىڭ ساغلاملىقىغا مۇناسىۋەتلىك فىزىئولوگىيىلىك ئۆزگىرىشلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ. يېمەك-ئىچمەكتىكى PPA نىڭ مىكروبلارنىڭ تەركىبىگە بولغان تەسىرىنىڭ دىسبىئوز ياكى باشقا كېسەللىكلەرنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان-چىقارمايدىغانلىقىنى ئېنىقلاش ئۈچۈن تېخىمۇ كۆپ تەتقىقاتلارغا ئېھتىياجلىق. بۇ تەتقىقات PPA نىڭ ئۈچەي تەركىبىگە بولغان تەسىرىنىڭ ئىنسانلارنىڭ ساغلاملىقىغا قانداق تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقى توغرىسىدىكى كەلگۈسىدىكى تەتقىقاتلارنىڭ ئاساسىنى سالىدۇ.
بۇ تەتقىقاتتا كۆرسىتىلگەن سانلىق مەلۇماتلار تور ئامبارلىرىدىن تاپقىلى بولىدۇ. ئامبارنىڭ نامى ۋە كىرىش نومۇرى: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431.
بۇ ھايۋاناتلار تەتقىقاتى مەركىزىي فلورىدا ئۇنىۋېرسىتېتى ھايۋاناتلارنى ئاسراش ۋە ئىشلىتىش كومىتېتى (UCF-IACUC) تەرىپىدىن تەستىقلانغان (ھايۋاناتلارنى ئىشلىتىش ئىجازەتنامىسى نومۇرى: PROTO202000002). بۇ تەتقىقات يەرلىك قانۇن، نىزام ۋە ئورگان تەلىپىگە ئۇيغۇن.
NG: ئۇقۇملاشتۇرۇش، سانلىق مەلۇماتلارنى رەتلەش، رەسمىي ئانالىز، تەكشۈرۈش، ئۇسۇل، يۇمشاق دېتال، كۆرۈنۈشلۈك، يېزىش (ئەسلى لايىھە)، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). LA: ئۇقۇملاشتۇرۇش، سانلىق مەلۇماتلارنى رەتلەش، ئۇسۇل، بايلىقلار، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). SH: رەسمىي ئانالىز، يۇمشاق دېتال، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). SA: تەكشۈرۈش، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). باش سوتچى: تەكشۈرۈش، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). SN: ئۇقۇملاشتۇرۇش، تۈر باشقۇرۇش، بايلىقلار، نازارەت قىلىش، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش). TA: ئۇقۇملاشتۇرۇش، تۈر باشقۇرۇش، نازارەت قىلىش، يېزىش (قايتا كۆرۈش ۋە تەھرىرلەش).
ئاپتورلار بۇ ماقالىنىڭ تەتقىقاتى، ئاپتورلۇقى ۋە/ياكى نەشر قىلىنىشى ئۈچۈن ھېچقانداق ئىقتىسادىي ياردەم ئالمىغانلىقىنى ئېلان قىلدى.
ئاپتورلار بۇ تەتقىقاتنىڭ مەنپەئەت توقۇنۇشى دەپ قارىلىشى مۇمكىن بولغان ھېچقانداق سودا ياكى پۇل-مۇئامىلە مۇناسىۋىتى بولمىغان ئەھۋال ئاستىدا ئېلىپ بېرىلغانلىقىنى جاكارلىدى. بۇنىڭغا ماس كەلمەيدۇ.
بۇ ماقالىدە ئىپادىلەنگەن بارلىق قاراشلار پەقەت ئاپتورلارنىڭ قارىشى بولۇپ، ئۇلارنىڭ ئورگانلىرى، نەشرىياتچىلىرى، تەھرىرلىرى ياكى باھالىغۇچىلىرىنىڭ قارىشىنى ئەكس ئەتتۈرۈشى ناتايىن. بۇ ماقالىدە باھالانغان ھەر قانداق مەھسۇلات ياكى ئىشلەپچىقارغۇچىلارنىڭ ئوتتۇرىغا قويغان ھەر قانداق دەۋاسى نەشرىياتچى تەرىپىدىن كاپالەتكە ئىگە قىلىنمايدۇ ياكى قوللىمايدۇ.
بۇ ماقالىنىڭ قوشۇمچە ماتېرىياللىرىنى توردا تاپقىلى بولىدۇ: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
Abdelli LS، Samsam A، Nasser SA (2019). پروپىئون كىسلاتاسى ئاۋتىزم كېسەللىكلىرىدە PTEN/AKT يولىنى تەڭشەش ئارقىلىق گلىئوز ۋە نېرۋا ياللۇغىنى قوزغىتىدۇ. ئىلمىي دوكلاتلار 9، 8824–8824. doi: 10.1038/s41598-019-45348-z
Aitchison, J. (1982). تەركىب سانلىق مەلۇماتلىرىنىڭ ستاتىستىكىلىق ئانالىزى. JR Stat Soc Ser B Methodol. 44, 139–160. doi: 10.1111/j.2517-6161.1982.tb01195.x
Ahn J, Kwon H, Kim YJ (2023). فىرمىكۇتلار/باكتېروئىدېتلارنىڭ نىسبىتى كۆكرەك راكىنىڭ خەۋپ ئامىلى سۈپىتىدە. كلىنىكىلىق تېبابەت ژۇرنىلى، 12، 2216. doi: 10.3390/jcm12062216
ئاندېرس س.، ھۇبېر ۋ. (2010). تەرتىپ سانى سانلىق مەلۇماتلىرىنىڭ دىففېرېنسىئال ئىپادىلەش ئانالىزى. Nat ئالدىنقى. 1–1، 1–10. doi: 10.1038/npre.2010.4282.1
ئانژېلىس، MD، پىككولو، م.، ۋاننىنى، ل.، سىراگۇسا، س.، گىياكومو، AD، سېررازانېتتى، DI قاتارلىقلار (2013). باشقا بەلگىلىمە بولمىغان ئاۋتىزم ۋە كەڭ تارقالغان تەرەققىيات قالايمىقانچىلىقى بار بالىلارنىڭ تەرەت مىكروبيوتىسى ۋە مېتابولومىسى. PloS One 8, e76993. doi: 10.1371/journal.pone.0076993
ئاۋېرىنا OV، كوۋتۇن AS، پولياكوۋا SI، ساۋىلوۋا AM، رېبرىكوۋ DV، دانىلېكسو VN (2020). ئاۋتىزم كېسەللىكلىرى بار كىچىك بالىلارنىڭ ئۈچەي مىكرو بىئولوگىيىسىنىڭ باكتېرىيە نېرۋا مېتابولىزم ئالاھىدىلىكلىرى. تېببىي مىكرو بىئولوگىيە ژۇرنىلى 69، 558–571. doi: 10.1099/jmm.0.001178
باكېرو ف.، نومبېلا ك. (2012). مىكرو بىئوم ئىنسان ئەزاسى سۈپىتىدە. كلىنىكىلىق مىكرو بىئولوگىيىسى ۋە يۇقۇملىنىش 18، 2–4. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03916.x
Baur T., Dürre P. (2023). پروپىئون كىسلاتاسى ئىشلەپچىقارغۇچى باكتېرىيەلەرنىڭ فىزىئولوگىيىسىگە يېڭىچە قاراشلار: Anaerotignum propionicum ۋە Anaerotignum neopropionicum (ئىلگىرى Clostridium propionicum ۋە Clostridium neopropionicum دەپ ئاتالغان). مىكرو ئورگانىزملار 11، 685. doi: 10.3390/microorganisms11030685
Bazer FW, Spencer TE, Wu G, Cudd TA, Meininger SJ (2004). ئانىلارنىڭ ئوزۇقلىنىشى ۋە ھامىلىنىڭ يېتىلىشى. J Nutr. 134 ، 2169–2172. doi: 10.1093 / jn / 134.9.2169
Benjamini, Y., ۋە Hochberg, J. (1995). يالغان مۇسبەت نىسبىتىنى كونترول قىلىش: كۆپ قېتىملىق سىناق قىلىشنىڭ ئەمەلىي ۋە ئۈنۈملۈك ئۇسۇلى. JR Stat Soc Ser B Methodol. 57, 289–300. doi: 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x